Что будет, если я стою на учете в военкомате в одном городе, а проживаю в другом?

В этом случае вам нужно сняться с учета и встать по месту фактического проживания (даже в том случае, если у вас нет регистрации). Если этого не сделать, то вас могут привлечь к административной или даже уголовной ответственности.